[DrakilorP2P]

Not much to comment. The code and output dump should speak for themselves.

PHP Code:

function findPatterns(theString)
{
  sendrpgmessage("String: \"" @ theString @ "\"");
  sendrpgmessage("Init at approximately " @ timevar2);
  temp.oldTime = timevar2;
  
  temp.patterns = {};
  for (temp.length=2; temp.length<temp.theString.length(); temp.length++) {
    for (temp.position=0; temp.position<temp.theString.length() - temp.length + 1; temp.position++) {
      temp.pattern = temp.theString.substring(temp.position, temp.length);
      temp.("pattern_" @ temp.pattern)++;
      
      //Makes iteration through the variables much easier.
      if (temp.("pattern_" @ temp.pattern) == 1) temp.patterns.add(temp.pattern);
    }
  }
  
  //Output
  temp.output = {};
  for (temp.pattern: temp.patterns) {
    if (temp.("pattern_" @ temp.pattern) > 1) {
      temp.output.add({temp.pattern, temp.("pattern_" @ temp.pattern)});
      sendrpgmessage(temp.pattern @ ": " @ temp.("pattern_" @ temp.pattern));
    }
  }
  
  temp.deltaTime = timevar2 - temp.oldTime;
  sendrpgmessage("Finished at " @ timevar2 @ "\nDelta time is " @ temp.deltaTime);
  
  return temp.output;
} 


PHP Code:

String: "AUGCCCGTAUACGTA"
Init at approximately 1206544145.230022907
AU: 2
CC: 2
CG: 2
GT: 2
TA: 2
CGT: 2
GTA: 2
CGTA: 2
Finished at 1206544145.231662034
Delta time is 0.001600027